Odbudowę kolegiaty rozpoczęto w roku 1988 z inicjatywy ks. prałata Ryszarda Dobrołowicza, proboszcza parafii pw. Najświętszej Marii Panny Królowej Polski na osiedlu Kopernika. W początkowym okresie prace prowadzone były głównie ze środków własnych, następnie z wykorzystaniem różnych dotacji i składek, m.in. ze strony Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej. Pierwsza od czasu II wojny światowej msza odprawiona została w ostatnią niedzielę maja 1999. Proboszczem parafii kolegiackiej jest obecnie ks. Rafał Zendran. Brązowe drzwi do kolegiaty w Głogowie zrealizował Czesław Dźwigaj.
Odnowa trwa cały czas, do tej pory wykonano szereg prac remontowych, w tym naprawę murów części prezbiterium, aranżację tego wnętrza ze stylizowanymi filarami, wylane zostały podłoża nawiązujące do pierwotnej posadzki, krypta romańska została wystylizowana pod rezerwat archeologiczny, restaurowane są freski w kaplicach bocznych, na odbudowę czeka sklepienie.
Wstawiono witraże, które zaprojektował Czesław Dźwigaj. W prezbiterium znajdują się trzy witraże:
* środkowy przedstawiający motyw Zwiastowania i Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny
* lewy ukazujący dwa wizerunki św. Hieronima
* prawy – założycieli dzieła Cichych Pracowników Krzyża
Na lewo od prezbiterium, w kaplicy Maryjnej witraże przedstawiają wizerunki Matki Bożej z polskich sanktuariów, natomiast na wschodniej ścianie biskupa Wilhelma Plutę. W pozostałych oknach przeważają wizerunki świętych.
Dzwony w Kolegiacie
1 lipca 2006 roku można było usłyszeć po raz pierwszy trzy nowe dzwony. Florian, Barbara i Anna odtworzyły specjalnie skomponowany interwał muzyczny Te Deum. Zamontowano je na wysokości pięćdziesięciu metrów, w miejscu gdzie kończy się kwadratowy korpus wieży kolegiackiej. 7 maja zostały poświęcone przez Biskupa Ordynariusza Adama Dyczkowskiego.